此外,中原向西南的道路交通不便(可曾记得李白的《蜀道难》),大军难以快速通达,粮草供给易被切断。长期封闭管理下出现的土司等地方势力极度排外。在大明之前,南宋抗元的防务正是在此地设立,直至蒙古西征结束而战斗不止。蒙古强征大理打通要道,多路大军直接围剿云南诸国,并在此后统治年间不断派兵清扫战场。战后,云南被元朝统治者所掌控,在大明建立后仍负隅顽抗。太祖朱元璋在和谈无效后令蓝玉、傅友德等开国大将分两路强攻云南。
由于明朝大军征伐并非良久之计,况且云南、贵州地处偏僻,但地理位置极为重要,把守大明王朝向印度半岛的咽喉要道。因此,进一步的统治管理势在必行。太祖令沐英常驻此地管辖地方事务,后者在此地立下家族、兴修水利、四处平叛、开通交通要道、传播中原儒家文化,病逝后被封王以祭奠功绩。此外,为保证大明王朝与此地文化语言沟通无碍,沐英奉朱元璋的命令将周边江苏、湖广地(正好是元末张士诚、陈友谅的割据地,分化当地忠于他的群众不亦乐乎)的百姓迁移到云贵地区,并将所携带的大军驻扎在这里,设立军屯和卫所,开荒土地。