对冲基金的组织结构一般是合伙人制。
基金投资者以资金入伙，提供大部分资金但不参与投资活动；基金管理者以资金和技能入伙，负责基金的投资决策。由于对冲基金在操作上要求高度的隐蔽性和灵活性，因而在美国对冲基金的合伙人一般控制在100人以下，而每个合伙人的出资额在100万美元以上（不同的国家，对于对冲基金的规定也有所差异，比如日本对冲基金的合伙人要求控制在50人以下）。由于对冲基金多为私募性质，从而规避了美国法律对公募基金信息披露的严格要求。
2011年中国香港证监会公布，保尔森对冲基金公司已在2月21日获得中国香港证监会发放的第一类牌照，获准在中国香港销售自己和其他公司的基金，并从事经纪业务。这是继索罗斯在中国香港设立办公室后，第二家声名显赫的国际对冲基金公司进驻中国香港。此外，国际对冲基金德韵集团则在上海开设了工作室。
全球最大对冲基金公司之一的尼克斯联合基金公司总裁詹姆斯·查诺斯则在近日宣称，近期他募集了2000万美元的离岸基金，对赌中国房地产泡沫破裂。
和詹姆斯·查诺斯一样，41岁的苏格兰对冲基金经理休·亨德利在近期发行了做空中国经济的特殊基金——中国“问题”基金，该基金类似巨灾保险。如果中国经济自身竞争力下降，该基金的投资者将会获得数倍的回报。让琼斯想不到的是，在60多年后的今天，他发明的对冲基金已经成为少数人手中的金融“武器”，一种可以让无数人倾家荡产，甚至可以影响一个国家的金融工具。
