打捞工程上马之初，有关部门就考虑到打捞时，很可能会受到台湾当局的海军舰艇的袭扰，做好了应对预案。对打捞作业的军事掩护的部署，由福州军区统一组织、实施。在陆路隘口进行了布防，海上调集了驱逐舰、护卫舰、猎潜艇等作战舰艇全天候守卫，战机24小时待命。当时，中国海军吨位最大的主战舰艇是苏制的鞍山号（舷号为“101”）、抚顺号（舷号为“102”）、长春号（舷号为“103”）与太原号（舷号为“104”）驱逐舰，舰上装备了国产最先进的“HY-2”导弹，号称“四大金刚”。为了确保海上威慑，鞍山号、抚顺号奉命南下，担负了打捞阿波丸沉船的护航警戒任务。
“当时制定的作战方针是，所有海空军巡逻限制在规定的打捞作业区域以内，不刺激金门、台湾等地“台军”；但如台湾方面对我进行侦察、干扰，无论从空中来、海上来、水下来，都要坚决予以反击，彻底歼灭之。
果不其然，打捞工程开工不久，台湾当局就不请自来，每天都派战机到打捞作业场海域侦察，我飞机随即升空进行驱赶，警戒舰艇严阵以待，作业场经常拉响防空警报。官兵们只要听到防空警报，便立刻放下手重的活计，跑步进入战斗岗位，高射机枪子弹上膛，瞄准敌机，随时准备射击。但时间一长，大家发现，台湾飞机都是在空中盘旋几圈，参观一下，就飞走了。习惯以后，大家也就不再紧张了。即使是他们飞来了，打捞人员仍然实施潜水作业，该干什么就干什么。有的人还故意挥动草帽，对天上的台机高喊：“施工重地禁止参观，胆敢骚扰立刻击落！”
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